宏基因組測序

技術(shù)簡介 

宏基因組( Metagenome，也稱微生物環(huán)境基因組 Microbial Environmental Genome, 或元基因組)是 1998 年由 Handelsman 等提出的，是環(huán)境中全部微小生物遺傳物質(zhì)的總和，它包含了可培養(yǎng)的和未可培養(yǎng)的微生物的基因，目前主要指環(huán)境樣品中的細(xì)菌和真菌的基因組總和。以環(huán)境樣品中的微生物群體基因組為研究對象，以功能基因篩選和/或測序分析為研究手段，以微生物多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性、相互協(xié)作關(guān)系及與環(huán)境之間的關(guān)系為研究目的的新的微生物研究方法，主要應(yīng)用于群落結(jié)構(gòu)分析、環(huán)境中的基因功能分析、以及發(fā)掘新物種。

技術(shù)路線

送樣建議

技術(shù)參數(shù)

案例分析  

研究背景 

阿古拉斯環(huán)提供海水循環(huán)從印度太平洋到大西洋盆地的主要途徑。它們對全球海洋環(huán)流的影響是眾所周知的，但它們的影響在浮游生物運(yùn)輸中的作用并未闡述清楚。

研究目的

解析阿古拉斯環(huán)的環(huán)境特征對浮游生物的影響。

研究結(jié)果

對海水利用不同孔徑的濾膜進(jìn)行過濾，分為四個部分 0.2-3.0 微米、5-8 微米、20-180 微米和 180-2000 微米，  對這四個部分進(jìn)行宏基因組的測序分析，結(jié)果顯示南大西洋與印度洋的浮游生物的多樣性不同，通過對輕厄加勒斯環(huán)采樣的實(shí)時(shí)采樣表明，強(qiáng)垂直混合驅(qū)動復(fù)雜的氮  循環(huán)，塑造成了群落代謝和生物地球化學(xué)的特征，但是在阿古拉斯環(huán)內(nèi)部是另外一種機(jī)制，這種環(huán)境限制了印度洋的浮游生物類群向大西洋的擴(kuò)散。

參考文獻(xiàn)

[1]. Villar, E. et al. Ocean   plankton. Environmental characteristics of Agulhas rings affect   interocean plankton transport. Science 348, 1261447,   doi:10.1126/science.1261447 (2015).