LDR_SNP檢測

技術(shù)簡介

LDR_SNP分型是一種將 PCR 和 LDR（Ligase Detection Reaction，連接酶檢測反應(yīng)）相結(jié)合的檢測技術(shù)。

檢測原理

送樣建議

注：SNP位點數(shù)＞50個，每增加50個位點，體積增加10uL。

技術(shù)參數(shù)

技術(shù)優(yōu)勢

（1）周期短：小試之后，檢測周期15個自然日；總檢測周期55個自然日。

（2）實驗靈活：適合10個以內(nèi)位點的檢測，多重PCR重數(shù)可達到10重；

（3）成本低：樣本量越大，折合到單個數(shù)據(jù)點的成本越低。

（4）精準度高：熒光探針標記，傳統(tǒng)的3730xl平臺；檢出率可達95%以上。

案例分析

基于PCR_LDR檢測CYP2C19多態(tài)性^[1]

研究目的

細胞色素P450 2C19（CYP2C19）基因型與藥物代謝差異有關(guān)。本研究的目的是基于聚合酶鏈反應(yīng)/連接酶檢測反應(yīng)（PCR-LDR）建立CYP2C19基因分型的可靠測定。

 材料方法

設(shè)計特異性引物和探針以檢測CYP2C19 * 1，* 2，* 3和* 17。制備每個等位基因的對照并用于性能評估，研究采用PCR-LDR和Sanger測序方法對200個臨床樣品進行檢測分析。

研究結(jié)果

PCR-LDR檢測的檢出限為2 ng /μL基因組DNA。血液中常見的干擾物質(zhì)不會影響檢測結(jié)果。對于臨床樣品，PCR-LDR和Sanger測序的結(jié)果是相同的。該PCR-LDR檢測方法可用于臨床環(huán)境中CYP2C19基因型的檢測。在氯吡格雷和質(zhì)子泵抑制劑治療之前，它將是篩查患者CYP2C19功能喪失等位基因的有用工具。

圖1 PCR-LDR對CYP2C19基因分型的典型結(jié)果

參考文獻

Zhang J, Zhang H, Li K, et al. Development of a Polymerase Chain Reaction/Ligase Detection Reaction Assay for Detection of CYP2C19 Polymorphisms[J]. Genet Test Mol Biomarkers. 2018, 22(1):62-73.